Mivel a processzor csak natív programok futtatására képes, az IL állományt végrehajtás előtt gépi kóddá kell fordítani. A gépi kód előállítását a futásidejű fordító (just-in-time compiler, JIT) végzi el, de csak akkor, ha az adott kód valóban le is fog futni. Az IL állományba irányuló minden metódushívás az első alkalommal meghívja a JIT-fordítót, ami gépi kóddá alakítja az adott metódust, ezt futtatja majd a processzor. Ha újra meghívjuk ugyanazt a metódust, már nincs szükség fordításra, közvetlenül az eltárolt gépi kódú változat fog lefutni. Így az egyes metódusokat csak egy alkalommal kell lefordítani, ami jelentősen gyorsíthatja a programok futását. További időmegtakarítást jelent, hogy a nem használt IL-kódot a JIT egyáltalán nem fordítja le. Amikor az alkalmazás leáll, a generált gépi kód automatikusan törlődik, újraindítás után tehát újra szükség van a metódusok futásidőben történő fordítására.
A JIT fordító természetesen minden támogatott processzor-architektúrára rendelkezésére áll, így a fordítóprogramok által készített IL-kód változtatás nélkül futtatható a különböző architektúrájú számítógépeken. Persze csak akkor, ha nincs benne olyan API hívás, amely csak az adott platformon létezik.